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Les dynamiques des écosystèmes et des communautés qui y vivent sont exposées à de nombreux changements à toutes les échelles, locales (exploitation, etc.) à globales (changement climatique, etc.). La connectivité mondiale croissante accélère la propagation des variations locales et produit des effets sur des échelles spatiales beaucoup plus grandes. Le changement climatique entraîne des changements radicaux des écosystèmes avec des impacts forts et parfois destructeurs sur les populations humaines, animales et végétales. La perte de la biodiversité, les invasions biologiques courantes, émergentes et ré-émergence de maladies infectieuses, la pénurie de ressources, etc., peuvent entraîner des pertes économiques et sociales importantes. Elles peuvent également intensier les disparités interrégionales.
La modélisation mathématique est un moyen puissant, et parfois le seul moyen éthique et justifiable pour mieux analyser, comprendre et enfin essayer de contrôler ces processus complexes.
Depuis 2007, les conférences annuelles de MPDE visent le développement de la modélisation mathématique en dynamique des écosystèmes à toutes les échelles via diverses méthodes mathématiques, informatiques et interdisciplinaires.