Propriétés des distances d’édition entre permutations signées ou non signées
6 au 17 juillet 2015
6 au 17 juillet 2015
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Description générale :
La génomique comparative est un domaine d’étude de la biologie dont l’objet est de comparer les organismes sur base de leur contenu genétique, afin de pouvoir grouper les espèces étudiées et de proposer des scénarios d’évolution expliquant l’organisation des génomes des espèces actuelles en termes des mutations qu’elles ont subies. En admettant certaines hypothèses, on peut voir les génomes étudies, ainsi que les mutations qu’ils subissent, comme des permutations d’un ensemble donné de gènes ; lorsque l’orientation des gènes est prise en compte, on a plutôt recours a des permutations signées, dont chaque élément est affecté d’un signe + ou – (voir par exemple Fertin et al. [1]). Plus formellement, étant donnée une partie generatrice S du groupe symétrique Sn (ou du groupe hyperoctahedral Sn), une distance d’edition dS(., .) entre deux permutations et de ce groupe est denie comme le nombre minimum d’éléements de S a appliquer a pour la transformer en (ou reciproquement). L’ensemble S correspond aux mutations évoquées plus haut, tandis que les permutationsetcorrespondent aux génomes étudiés. Dans le contexte biologique, ces mutations sont qualifiées de réarrangements génomiques. |
Participants
Anthony Labarre (UPEM)
Simona Grusea (INSA Toulouse) |